Jūdaikas studiju centram ir izveidojusies sadarbība ar daudziem pētniekiem, zinātnes, izglītības un kultūras institūcijām gan Latvijā, gan ārzemēs. 

Centra ilgtermiņa sadarbības partneru vidū ir:

  • LU fakultātes (Sociālo zinātņu fakultāte, Humanitāro zinātņu fakultāte, Vēstures un filozofijas fakultāte, Teoloģijas fakultāte)
  • Muzejs "Ebreji Latvijā"
  • Latvijas Ebreju draudžu un kopienu padome
  • Latvijas Zinātņu akadēmija 
  • Daugavpils Universitāte
  • Izraēlas Valsts vēstniecība Latvijā
  • Jeruzalemes Ebreju Universitāte (The Hebrew University of Jerusalem) 
  • Latvijas un Igaunijas ebreju asociācija Izraēlā
  • PAIDEIA - Eiropas jūdaikas studiju centrs Zviedrijā (The European Institute for Jewish Studies in Sweden) 
  • Jūdaikas zinātnisko darbinieku un augstskolu pasniedzēju centrs "Sefer" (Maskava)
  • Jewish Survivors of Latvia, Inc. (ASV)
  •  u.c.

Sīkāk par sadarbības gaitā īstenotajām programmām iespējams skatīt sadaļā "Projekti un aktivitātes".